Предполагается, что название происходит от прозвищного имени Мышка. По легенде, один князь прилёг отдохнуть на берегу Волги, проснулся же оттого, что по его лицу проползла мышка. Вначале он рассердился, но потом увидел, что мышка спасла его от подползающей змеи.
Упоминается в XV веке как село (позднее слобода). В конце XV — середине XVI веков принадлежало князьям Ушатым. Со второй половины XVI века в составе удельного Юхотского княжества.
Городом Мышкин стал в 1777 году. В XIX веке был значительным центром оптовой торговли маслом, яйцами, тканями и хлебом с Петербургом, центр льноводческого района.
В 1927 году город был преобразован в село, с 1943 года - посёлок городского типа Мышкино, с 1991 года - вновь город Мышкин. Возвращению статуса города способствовал мышкинский краевед Владимир Гречухин, при содействии большого количества россиян. Среди них — академик Дмитрий Лихачёв и Булат Окуджава. В Ярославской области даже существует инициатива создания памятника Гречухину и Лихачёву, беседующих на берегу Волги (воображаемая встреча никогда не имела места — Лихачёв так и не побывал ни разу в Мышкине).
Информация из Википедии